Dedicando-se à advocacia, mas ainda participando ativamente da política, mesmo não sendo candidato, Elcio Alvares decidiu, quando a eleição de 2006 decidiu candidatar-se a Deputado Estadual. Seus amigos mais próximos foram contra, relembrando candidaturas de outras lideranças que não conseguiram sucesso, achando que não deveria se arriscar.

Elcio, então, voltou à estrada, contatando amigos e lideranças que com ele tinham caminhado em eleições anteriores. Apurada a eleição, ele estava entre um dos 30 eleitos para a Assembleia Legislativa do Espírito Santo. A posse foi no início de janeiro de 2007, mas mesmo antes dela, Elcio Alvares participou da articulação da eleição da Mesa Diretora.

Após a posse e em uma visita de cortesia ao Governador Paulo Hartung, reeleito para um segundo mandato, Elcio Alvares foi surpreendido pela indicação como Líder do Governo no Legislativo Estadual. O anúncio foi feito pelo próprio Governador no discurso de recepção dos deputados estaduais.

A liderança, exercida durante dois anos, ajudou o Governo na aprovação de inúmeras medidas importantes para o Espírito Santo na Assembleia. Graças à articulação de Elcio Alvares o Governo tinha maioria tranquila no Legislativo. O exercício da liderança aproximou Elcio Alvares do Governador e de seu Vice, Ricardo Ferraço, a quem Paulo Hartung delegou uma série de tarefas de coordenação do Governo.

Elcio Alvares destaca que o êxito de sua liderança se deve à colaboração do Deputado Guerino Zanon, que era o Presidente da Assembleia, aos integrantes da Mesa Diretora e dos próprios deputados, que entenderam a necessidade das medidas tomadas pelo Governo Estadual, colocando o Espírito Santo no rumo certo e dando impulso ao seu desenvolvimento em todos os setores.

A liderança foi exercida por dois anos e Elcio Alvares a deixou para assumir a Presidência da Assembleia Legislativa, tendo sido o primeiro presidente da história que foi eleito pela unanimidade dos deputados.