Junho é uma data significativa na trajetória de vida pública do Deputado Elcio Alvares. É que no dia 10 de junho de 1999, em uma solenidade no Palácio do Planalto, na presença do Presidente Fernando Henrique Cardoso e dos Comandantes da Marinha, Exército e Aeronáutica, Alvares assumia o Ministério da Defesa, transformando-se no primeiro civil na história do Brasil a ocupar tal posição. A partir da posse do Presidente Fernando Henrique no seu segundo mandato, o então ex-Senador Elcio Alvares assumiu a coordenação da implantação do Ministério, formatando sua estrutura e acompanhando a discussão de sua implantação no Congresso, até a votação da legislação que o criava.
Até a decisão do Presidente Fernando Henrique Cardoso de criar o Ministério, reunindo em um só local todos os ramos militares, havia quatro Ministros Militares. Um Chefe do Estado Maior das Forças Armadas, com status de Ministro, e os três Ministros do Exército, da Marinha e da Aeronáutica. Com a criação do Ministério, todos seriam extintos e os comandos militares reunidos no Ministério da Defesa, sob o comando de um civil, a exemplo do que já acontecia nas principais democracias do mundo, como Estados Unidos e nos países da Europa como Grã-Bretanha, França e Alemanha.
A criação do novo Ministério foi feito em duas etapas. Na primeira, Elcio Alvares foi nomeado pelo Presidente Fernando Henrique Cardoso como Ministro Extraordinário, encarregado de formatar o novo Ministério, cuja criação definitiva dependia da aprovação do Congresso Nacional. Elcio relata em seu livro, Memórias do Meu Tempo, os primeiros passos dados, da escolha do local onde sediaria a nova pasta à escolha dos assessores que o ajudariam a formatar e desenvolver o arcabouço legal do novo Ministério. Dessa equipe, nasceu o projeto de Lei Complementar e a Emenda Constitucional que possibilitou a institucionalização do Ministério da Defesa, o primeiro na história brasileira.
Depois de cinco meses de trabalho, os projetos foram aprovados pelo Congresso Nacional e sancionados pelo Presidente Fernando Henrique Cardoso. Na mesma solenidade de sanção da legislação que criou o Ministério ele deu posse ao novo Ministro e, no seu discurso, afirmou que a ação de Elcio Alvares foi “essencial para o fortalecimento do País”. “O Ministro Elcio Alvares, não apenas nas questões das Forças Armadas, mas nos mais delicados problemas de interesse nacional se houve como homem correto, como homem de dignidade. A escolha de Elcio Alvares para o Ministério da Defesa – primeiro civil a ostentar este título no Brasil, nós já tivemos ministros civis, mas em pastas singulares – é (…) a garantia de que esse entrosamento dos setores civis e militares encontra, na sua pessoa, a expressão mais pura e genuína de alguém que está sempre disposto a cooperar pelo engrandecimento de nossas Força Armadas”, afirmou o Presidente na sua fala.
A passagem de Elcio Alvares pelo Ministério da Defesa foi a sua segunda experiência como Ministro de Estado do Brasil. Antes, no Governo de Itamar Franco, havia ocupado o posto de Ministro da Indústria, Comércio e Turismo do Brasil, afastando-se do Senado para exercer a função. No caso do Ministério da Defesa, em seu livro de memória, o Deputado Elcio Alvares destaca a cooperação e a colaboração recebida dos chefes das três Forças Militares – Aeronáutica, Marinha e Exército – para a implantação da pasta. Na nova estrutura de comando, cada Força passou a ter uma Secretaria junto ao Ministério.