Como Ministro da Indústria, Comércio e Turismo, Elcio Alvares participou ativamente da formulação do Plano Real, junto com Fernando Henrique Cardoso, então Ministro da Fazenda do Governo de Itamar Franco. O trabalho junto os aproximou e foi um dos que apoiou a eleição do então Senador para a Presidência da República.

Após a posse, Elcio Alvares assumiu, de forma informal, a liderança do Governo no Senado Federal. Os processo importantes eram-lhe encaminhados e cuidava de sua tramitação e aprovação. Passado algum tempo, soube pela jornalista Teresa Cruvinel que seria indicado líder do Governo no Senado Federal.

A informação da jornalista se confirmou algum tempo depois, com o convite formal do Presidente Fernando Henrique Cardoso para que assumisse a função. Elcio Alvares a aceitou e dedicou-se às articulações que permitiram a aprovação das reformas propostas pelo Presidente da República. Uma de suas ações foi desmontar uma Comissão Parlamentar de Inquérito sobre a Vale do Rio Doce, que estava em processo de privatização.

Na liderança, Elcio Alvares contou com a colaboração do Senador Sérgio Machado, considerado um ótimo articulador, e conseguiu apoio da maioria dos senadores para os projetos do Governo. Dentre eles, destacam-se a implantação do SIVAM – Sistema de Vigilância da Amazônia, a aprovação da Lei das Patentes, aprovação dos projetos de reformas institucionais do Brasil e outros projetos governamentais.

Sua atuação lhe valeu o convide da Fundação Konrad Adenauer, da Alemanha, para uma visita à entidade. Elcio Alvares viajou junto com colegas senadores, visitando o país e a fundação, referência em pesquisas políticas. Cogitado para a Presidência do Senado, Elcio Alvares apoiou a eleição de Antônio Carlos Magalhães e trabalhou com ele para aprovar os importantes projetos do Governo.

Na liderança do Governo Élcio Alvares foi o responsável pela aprovação da legislação de telecomunicações que permitiu a modernização da rede de telefonia no Brasil, incluindo a base de celulares. Aprovou, também, o novo Código de Trânsito, o Código de Mineração e a Lei Pelé.