Ao final do seu mandato no Senado Federal, como nas vezes anteriores em que deixou cargos ou funções públicas, Elcio Alvares havia decidido retornar ao Espírito Santo e ao seu escritório de advocacia quando foi chamado pelo Presidente Fernando Henrique Cardoso e convidado para ser Ministro Extraordinário com o encargo de criar e implantar o Ministério da Defesa. Com a criação, os quatro Ministérios militares – Exército, Aeronáutica, Marinha e Estado Maior das Forças Armadas – seriam transformados em Ministério da Defesa e os militares seriam submetidos ao comando civil.

Era um desafio e Elcio Alvares o aceitou. Uma das razões do convite foi sua experiência legislativa e o seu ótimo trânsito no Congresso Nacional. Com a sua articulação, o Governo antevia um caminho mais tranquilo para uma ação história: submeter os militares ao comando civil. Com uma pequena, mas dedicada equipe de assessores – civis e militares – Elcio Alvares começou a determinar as características do Ministério – como seria, que áreas teria, como atuaria – projetando a estrutura necessária para a sua futura implantação.

O segundo passo foi a definição de toda a base legal para a criação do novo Ministério, reunindo sob comando único todas as Forças Armadas brasileiras, com os comandantes militares sendo transformados em auxiliares do Ministro, com funções específicas de comando em cada força. O Estado Maior, o quarto Ministério, perderia este status, transformando-se em um órgão do próprio Ministério da Defesa. Definida a base legal, os projetos de criação do novo Ministério foram enviados ao Congresso, discutidos, votados e aprovados, o que permitiu ao Presidente Fernando Henrique Cardoso sancionar a lei e instituir, pela primeira vez na história do Brasil, um Ministério da Defesa unificado, comandado por um civil.

Com o Ministério da Defesa criado, Elcio Alvares transformou-se no primeiro ministro civil a comandar os militares no Brasil. A ele, por incumbência do Presidente Fernando Henrique Cardoso, coube a implantação do Ministério, colocando o Brasil em igualdade de condições com outros países democráticos do mundo, como Estados Unidos, Grã-Bretanha e França, dentre outros. Somente no trabalho de criação do Ministério foram gastos cerca de seis meses. Após a implantação, Elcio Alvares ficou mais cerca de seis meses à frente do Ministério, quando pediu seu afastamento e retornou ao Espírito Santo e à advocacia.