Como Senador, Elcio Alvares afastou-se do mandato, dando lugar a seu suplente, Jônice Tristão, para assumir o Ministério da Indústria, Comércio e Turismo do Governo Itamar Franco, indicado pelo seu partido, o Partido da Frente Liberal, que integrava a base de apoio do Governo. No cargo, uma das primeiras providências do novo Ministro foi implementar o projeto de criação de Câmaras Setoriais na Secretaria de Comércio Exterior com o objetivo de agilizar os procedimentos e permitir que as empresas pudessem exportar e importar com maior agilidade. No caso da importação, um projeto específico foi desenvolvido, criando-se um módulo que atendesse às necessidades do país, dando agilidade aos procedimentos de importação.

Outra ação no Ministério foi a negociação, junto aos países do Mercosul, da Tarifa Aduaneira Comum. Foi na sua gestão que foram criados novos polos de comércio exterior, com facilidades para que as pequenas e médias empresas tivessem acesso aos mecanismos de exportação de seus produtos. Também foi desenvolvimento e implementado o Plano de Recuperação dos Cafezais, cujo objetivo era melhorar a qualidade do café produzido no Brasil, elevando os ganhos dos cafeicultores, inclusive os do Espírito Santo. Para valorizar o produto brasileiro, o Ministério adotou o Plano de Retenção do Café, adquirindo a produção nacional e a estocando de forma a regular o mercado e fazer com que o produto alcançasse melhores preços em nível internacional.

Para o brasileiro, que não vive sem o cafezinho, uma das principais ações do Ministro Elcio Alvares foi a liberação e venda através de leilão de café do estoque brasileiro. A medida foi tomada para impedir que o preço do cafezinho fosse reajustado, já que o mercado internacional estava oferecendo melhores preços que os existentes no mercado interno. Os leilões foram dirigidos às torrefadoras, com o compromisso de que o preço do café continuaria os mesmos. Ainda com relação ao café, o Ministério ampliou os financiamentos aos cafeicultores.

Foi também na gestão de Elcio Alvares no Ministério da Indústria, Comércio e Turismo que foi instituída a Política Nacional de Turismo cujo objetivo era o de ampliar o turismo interno no Brasil, partindo do princípio que a atividade é uma das que mais geram renda e empregos. Para divulgar o Brasil, o Ministro viajou aos Estados Unidos e Japão, participando de feiras e eventos em que as belezas do país foram divulgadas. Ao final do Governo Itamar Franco, Elcio Alvares voltou ao Senado Federal, reassumindo o mandato.